微生物肥料是目前园林生产中的三大肥源之一(有机、无机、微生物肥料)。微生物肥料也称菌肥，它是用科学的方法把自然界中的一些有益于法国冬青等树木花卉生长发育的微生物(菌根菌)从土壤中或植物体内分离出来，经人工养殖加工而制成的生物性肥料。微生物肥料与有机肥料、无机肥料不同之处，它是因不含大量的营养元素，而是通过有益微生物的活动来改善植物和环境条件，从而促进树木花卉的生长发育。
微生物肥料中的菌根菌，有的能与植物共生在根系上形成根瘤。如根瘤菌，就是利用空气中的氮素，直接为高等植物供应氮素养分；有的则在土壤中大量繁殖，从而加快了土壤有机质的分解；有的则能抑制病原菌的活动，从而改善树木花卉的营养条件，进一步提高土壤肥力；有的则会增加土壤中的氮素含量，如自生固氮菌。
